保护角度来说，建议两种都申请，因保护内容不同。专利保护软件的内部逻辑构架（发明构思），软著保护的是代码和说明文档所展示的界面（发明构思的一种表达方式）。

从申请难度来说，软著属于登记制，容易很多，价格低，周期也短。发明一般要2-3年的时间才能审查完，且要在技术方案上符合新颖性、创造性等要求才给授权，价格也相对较高 。

含金量来说，发明是最高的，以往的高新评定，一个授权发明相当于6个实用新型或者6个软著。具体可咨询赋翼网，专业知识产权机构。